Anthropic использовала Claude для исследования vault-частиц — крупных полых белковых структур, которые учёные обнаружили ещё в 1986 году, но до сих пор не смогли объяснить их точную функцию.
Команда получила первую трёхмерную структуру vault-подобной частицы из прокариот.
Исследователи надеются, что работа поможет разобраться в происхождении и устройстве подобных комплексов. Vault-частицы напоминают полые капсулы. Предполагается, что они участвуют во внутриклеточном транспорте, защите клеток и иммунных процессах, но ни одна из этих функций пока не подтверждена окончательно.
Как Claude помог провести исследование
Сначала Claude проанализировал базу примерно из 15 млрд белковых последовательностей и помог найти потенциальных родственников белков vault. Затем команда отобрала 44 варианта для экспериментов и с помощью модели подготовила ДНК-конструкции для их производства в бактериях.
Следующим этапом стало выделение частиц: вместо традиционной процедуры, занимавшей около трёх дней, исследователи смогли получать образцы для микроскопии примерно за 90 минут.
Для изучения структуры команда использовала криоэлектронную микроскопию. Claude запускал специализированное ПО RELION и помогал обрабатывать экспериментальные данные.
Что известно сейчас
Полученная частица состоит из 96 копий белка — по 48 в каждой половине. Её масса составляет около 9,5 мегадальтона.
Исследователи также создали 15 модифицированных вариантов белка. Некоторые изменения мешали частице полностью закрываться, что помогло определить участки, необходимые для формирования оболочки.
По оценке Anthropic, первая трёхмерная модель была получена за 34 часа вместо нескольких недель. Весь исследовательский цикл занял менее четырёх месяцев.
Были и ошибки. Одна неудачная рекомендация по лабораторному протоколу задержала эксперименты на две недели. В другом случае модель пропустила стандартный этап обработки данных, из-за чего получилась неправильная 3D-карта с зеркально отражённой структурой.
Источник: habr.com