Специалисты российского центра вирусологии «Вектор» разработали модели машинного обучения, которые определяют тропность штаммов ВИЧ-1 — способность вируса заражать определённые типы клеток. От этого показателя зависит, какой препарат подойдёт пациенту и как быстро будет развиваться болезнь.
Сейчас надёжно определить тропность можно только в лаборатории, работая с живым вирусом, отмечает ТАСС. Это дорого, долго и доступно единичным лабораториям. Генотипические методы дешевле и быстрее, но существующие программы плохо подходят для вариантов вируса, распространённых в России. Учёные «Вектора» обучили собственные алгоритмы на 13 тысячах последовательностей, часть из которых исследовали сами, а часть взяли из открытой базы данных.
В результате точность для одного российского варианта выросла примерно на 10%, а для второго достигла 90% на данных, которые модель раньше не видела. Инструмент впервые проверен именно на российских штаммах и реализован в виде удобного графического интерфейса — в перспективе им смогут пользоваться врачи.
«Мы оценили существующие инструменты для генотипического предсказания тропности, создали свою, которая валидирована для российских штаммов. Ранее этого никто не делал, потому что не было генотипированных последовательностей, не было интереса у иностранных коллег. Также реализовали наши модели в виде пользовательского графического интерфейса, чтобы сделать ее удобной в будущем, возможно, для использования специалистами в клинической отрасли», — сообщили исследователи.
Источник: www.ferra.ru