Почему ДНК человека и дрожжей «складывается» по-разному? Российская нейросеть нашла неожиданные законы архитектуры генома.
Биоинформатики из России разработали нейросеть Chimaera, которая смогла не только предсказывать трехмерную структуру генома, но и выявлять правила его пространственной организации у самых разных живых существ — от дрожжевых грибов и примитивных растений до человека. Исследование опубликовано в журнале Nucleic Acids Research.
Не просто «запутанный клубок»
ДНК в клетке не лежит хаотично: она формирует сложную трехмерную архитектуру, влияющую на активность генов. Ученые давно знают о существовании характерных структур — петель, полос, «фонтанов» и зон изоляции. Однако оставалось неясным, одинаковы ли механизмы их формирования у разных видов.
Команда российских исследователей проанализировала данные различных тканей 22 организмов, включая:
Человека;Домовую мышь (Mus musculus);Когтистую шпорцевую лягушку Xenopus tropicalis;Рыбку Danio rerio;Брюхоногих моллюсков — пресноводную яблочную улитку Pomacea canaliculata и испанского слизня Arion vulgaris (самый опасный среди слизней вредитель растений);Медоносную пчелу Apis cerana;Муравья Cataglyphis hispanica;Фруктовую мушку Drosophila melanogaster;Комаров Anopheles merus и Culex quinquefasciatus;Тутового шелкопряда Bombyx mori;Нематоду Caenorhabditis elegans;Кораллового динофлагеллята Symbiodinium microadriaticum;Дрожжи родов Saccharomyces и Schizosaccharomyces;Резуховидку Таля (Arabidopsis thaliana) и др.Источник: hi-tech.mail.ru