Apple неожиданно ворвалась в биотех с собственной AI-моделью для предсказания структуры белков — SimpleFold. До сих пор абсолютным лидером в этой области считалась AlphaFold от Google DeepMind, но у неё есть серьёзный недостаток — колоссальные требования к вычислительным ресурсам. SimpleFold делает ставку на лёгкость. Её архитектура напоминает методы из мира генерации картинок и 3D-моделей, что делает её куда более эффективной.
Примеры предсказаний SimpleFold для целей: (a) цепь A белка 7QSW (крупная субъединица RuBisCO) и (b) цепь A белка 8DAY (диметиламмилилтриптофан-синтаза 1), где истинная структура показана светло-аквамариновым цветом, а предсказание — темно-бирюзовым. (c) Сгенерированные ансамбли для целевой цепи B белка 6NDW (белок крючка жгутика FlgE) с SimpleFold, дообученным на данных МД-ансамблей. (d) Производительность SimpleFold на CASP14 при увеличении размера модели от 100 млн до 3 млрд параметров. (e) Время инференса моделей SimpleFold разных размеров на потребительском железе, например MacBook Pro M2 Max 64 ГБ.
Ключевая версия SimpleFold-3B уже показала впечатляющие результаты: она достигает 95% производительности AlphaFold2, но при этом работает в 22 раза быстрее и дешевле. Для исследователей это может стать настоящим прорывом. Теперь анализ сложных белковых структур может перейти из категории «дорого и долго» в «массово и доступно».
Обзор архитектуры SimpleFold, построенной на стандартном универсальном блоке Transformer с адаптивными слоями. Кодировщик атомов, «ствол» по остаткам и декодировщик атомов используют один и тот же универсальный строительный блок. Модель обходится без парных представлений и треугольных обновлений.
Apple подчёркивает, что SimpleFold — лишь первый шаг в этом направлении. Но даже сейчас технология обещает ускорить открытия в медицине, фармакологии и материаловедении. Более дешёвые и быстрые предсказания белковых структур могут открыть дорогу к разработке новых лекарств, созданию устойчивых биоматериалов и даже к персонализированной медицине.
По сути, Apple бросает вызов Google на одном из самых стратегически важных направлений применения ИИ. И если AlphaFold стал революцией в своё время, то SimpleFold может стать революцией «второго уровня» — не менее точной, но куда более массовой и практичной.
Делегируйте часть рутинных задач вместе с BotHub! Для доступа к сервису не требуется VPN и можно использовать российскую карту. По ссылке вы можете получить 100 000 бесплатных токенов для первых задач и приступить к работе с нейросетями прямо сейчас!
Источник
Источник: habr.com