В пресс-службе Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова сообщили, что ученые вуза разработали программу, которая помогает находить ошибки при чтении ДНК. Инструмент предназначен для улучшения качества нанопорового секвенирования — метода анализа длинных цепочек нуклеиновых кислот.
При таком анализе к исследуемым молекулам присоединяют искусственные последовательности. Если они прикреплены неправильно, это ухудшает данные. Новая программа, NanoporeInspect, представляет собой интерактивный веб-сервис. В него загружают файл с результатами секвенирования и указывают используемые искусственные элементы. Алгоритмы анализируют данные и показывают распределение последовательностей на графиках.
По словам соавтора работы, ведущего специалиста лаборатории математического моделирования НИВЦ МГУ Марии Григорьевой, это позволяет сразу заметить, если адаптеры установлены с ошибками или встречаются слишком редко. Особенно важна программа для SELEX-экспериментов по поиску молекул-аптамеров, где даже одна ошибка может привести к потере уникальной последовательности.
Источник: www.ferra.ru